В основе работы автономной канализации Топас заложен естественный процесс, обеспечивающий высокую эффективность очистки бытовых стоков. он называется биологическая очистка сточных вод методом интенсивной аэрации. В отличие от обычного накопительного септика, где происходит процесс отстаивания стоков, а не их переработка, в станциях Топас под действием аэробных бактерий и агрессивной среды органические загрязнения распадаются на элементарные соединения. Чтобы понять принцип работы автономной канализации нужно знать этапы очистки, через которые проходят поступающие в станцию Топас сточные воды.

Первый этап очистки - механический, - происходит в приемной камере очистного сооружения Топас. Затем осветленные стоки с помощью эрлифта перекачиваются в следующую камеру, которая называется аэротенк, и в которой происходит процесс мелкопузырьковой аэрации. Происходит окисление сточных вод с применением активного ила, приводящее к разрушению органических соединений. Затем смесь из очищенной воды и активного ила попадает во вторичный отстойник, в кортом под воздействием гравитации ила осаждается на дно станции Топас. Последним этапом является выброс переработанных сточных вод из корпуса станции. В зависимости от модели автономной канализации Топас выброс может быть как принудительным, производящимся с помощью специального насоса, так и самотечным.